Nemačke okupacione vlasti u junu 1941. godine utvrdile su da je u Beogradu živelo 6.949 lica „kojima je maternji jezik ruski”. Bilo ih je više jer popis nije uključio više od šest hiljada Rusa sa jugoslovenskim državljanstvom. U surovom bombardovanju Beograda 6. aprila 1941. godine stradalo je na desetine Rusa. Oko dvanaest odsto oficira i vojnika ruskog porekla koji su se borili u jugoslovenskoj vojsci izgubilo je život u aprilskom ratu. Rusi koji su ostali u Beogradu nemačke okupatore doživljavali su kao neprijatelje koji su napali njihovu drugu domovinu. S druge strane osećali su mržnju prema nemačkim neprijateljima Engleskoj i Francuskoj koje su optuživali da nisu dovoljno pomogle njihovu borbu protiv komunista u Oktobarskoj revoluciji a kasnije su priznale SSSR-a.
Nemci su u Srbiji zatekli brojnu, organizovanu i uticajnu ruski zajednicu koja je bila antikomunistički opredeljena. Značaj te zajednice bio je veći jer se nacistička Nemačka pripremala za napad na Sovjetski Savez, a Hitler je ovaj rat, kako bi dobio vojnike iz satelitskih država, predstavljao kao evropski rat protiv boljševizma. Zato je naredbom nemačkog vojnog komandanta Srbije već 22. maja 1941. godine formiran Biro za zaštitu interesa i pomaganje ruskih emigranata u Srbiji za čijeg je načelnika postavljen vatreni antikomunista general Mihail Fjodorovič Skorodumov. Tako je ruska zajednica u Beogradu dobila svoju kvislinšku upravu tri nedelje pošto su Srbi dobili „komesarsku upravu” na čelu sa Milanom Aćimovićem.
Kako su nacisti vešto skrivali svoje antislovensko raspoloženje i isticali antikomunizam većina ruske emigracije pozdravila je napad Trećeg Rajha na Sovjetski Savez. U Proglasu ruskom narodu koji su potpisali pojedini ugledni članovi ruske zajednice napisano je „ da je 22. juna kucnuo čas koji su od 1917. godine očekivali svi nacionalno-orijentisani ruski ljudi”. Potpisnici su naivno verovali „da su nemačke oružane snage objavile rat ne ruskom narodu i Rusiji već komunistima i pozvali emigraciju da bude spremna za povratak u rodnu grudu i da učestvuje u izgradnji ruske budućnosti u savezu dve velike carevine: ruske i nemačke.” Ponet euforijom, general Skorodumov je 12. septembra 1941. godine proglasio „mobilizaciju svih vojnih obveznika starosti od 18 do 55 godina” kako bi formirao Ruski korpus za borbu sa Nemcima na Istočnom frontu. Međutim, nacistima nisu trebali ruski nacionalisti koji sanjaju obnovu carske Rusije jer su Slovenima odredili drugu sudbinu. Zato su smenili i uhapsili Skorodumova, a na njegovo mesto doveli lojalnog generala V. V. Krejtera.
Nemačkim okupatorima antikomunistička ruska emigracija trebala je za borbu protiv partizana u Srbiji. Formirana je vojna formacija „ruska zaštitna grupa” na čijem čelu se nalazio general B. A. Štejfon. Krajem 1941. godine ova jedinica brojala je 1.500 pripadnika koji su ratovali protiv partizana u okolini Krupnja, kod Bora i Trepče. Kasnije se priključuju ruski dobrovoljci iz Bugarske, Rumunije, Grčke i NDH, tako da je formirano pet pukova. Jedinica je 1942. godine preimenovana u Ruski zaštitni korpus koji je bio uključen u sastav Vermahta. Kada se korpusu pridružilo oko 300 sovjetskih ratnih zarobljenika iz logora Rovno u Ukrajini ruski emigranti iz Srbije i Beograda postali su manjina. Nosili su nemačke uniforme i učestvovali u operacijama u kojima je stradalo civilno stanovništvo kao što je slučaj sa operacijom SS jedinica na Kopaoniku protiv ustanika. Tada su nemački esesovci uz prisustvo pripadnika ruskog zaštitnog korpusa masakrirali seljake spaljivanjem u crkvi. Akcije Ruskog korpusa izazvale su bes lokalnog stanovništva i mržnju prema drugim pripadnicima ruske emigracije od kojih su mnogi gledali kako da prežive rat deleći sudbinu sa komšijama Srbima. U zemlji u kojoj ih je sačekala sa dobrodošlicom 1919. godine sada su ih gledali sa mržnjom kao saradnike okupatora. Bilo je i slučajeva ubistava emigranata i njihovih porodica a Skorodumovljev biro beleži oko 300 ubistava ruskih emigranata. Zato ne čudi da se ovaj korpus u leto 1944. godine sukobio sa četnicima kod Obrenovca uz teške gubitke. U oktobru 1944. godine ovaj korpus, koji je tada brojao 11.197 ljudi, konačno se suprostavio Crvenoj armiji kod Kladova i Čačka. Pretrpeli su teške gubitke, zajedno sa nacistima povukli se iz Jugoslavije, da bi se svega 5.584 pripadnika korpusa predalo Englezima. Bile su to završne bitke Crvene armije i “bele vojske” u građanskom ratu koji je počeo 1917. godine. Zanimljivo je da je najveći broj ubijenih pripadnika ovog korpusa sahranjen na ruskoj parceli na Novom groblju u Beogradu. Deo pripadnika ruske emigracije priključio se elitnim nacističkim SS jedinicama. Ovaj ruski bataljon, deo zloglasne SS divizije Princ Eugen, koji je brojao oko 600 ljudi bio je pod komandom kapetana Mihaila Aleksandroviča Semjonova. Zanimljivo je da je u nemačkim SS jedinicama bilo mnogo pripadnika drugih naroda poput svojevrsne Legije stranaca. Svoje SS jedinice imali su francuski, holandski, belgijski ili norveški fašisti tako da ruska SS jedinica nije bila neuobičajena. Inače, prema ruskom istoričaru Timofejevu, procenat ruskih izbeglica koje su ratovale na nemačkoj strani u Srbiji je bio veći nego u drugim zapadnim zemljama poput Francuske. Nisu sve ruske izbeglice bile za fašiste. Manja grupa Rusa, 1942. godine, formirala je tajnu organizaciju Savez sovjetskih patriota, pod uticajem sovjetskih agenata, koju su Nemci uspeli da razbiju tek 1944. godine i uhapse neke njene članove.
Zbog kolaboracije sa nacistima zajednica ruske emigracije u Srbiji nije mogla da opstane posle rata bilo da su pobedili komunisti ili da se u zemlju vratio kralj Petar i obnovio staru vlast. Zato ne treba da čudi odluka NKOJ iz novembra 1944. godine da se „oduzme državljanstvo ruskim izbeglicama osim onih koji su bili učesnici narodno-oslobodilačkog rata”. Ruska emigracija svesna toga u oktobru 1944. godine podelila se u tri grupe. Najviše njih otišlo je sa nemačkom vojskom, drugima je bilo dosta izbeglištva i odlučili su da sačekaju novu vlast a manji deo je oduševljeno dočekao Crvenu armiju. Već u oktobru 1944. godine u oslobođenom Beogradu rad obnavlja Savez sovjetskih patriota koji se proglasio jedinom organizacijom ruske emigracije. Bezobzira na to, do 1948. godine tretirani su kao neprijatelji komunizma, Mnogi su bili uhapšeni i završili su u sovjetskim gulazima a oni koji su ostali bili su ispitivani i privođeni od strane OZNE. Olakšanje im nije doneo ni Titov sukob sa Staljinom jer su ih jugoslovenske vlasti sada tretirale kao produženu sovjetsku ruku i potencijalnu opasnost. Ruska zajednica je bila sve manja pa je u narednim decenijama skoro poptuno nestala a pojedinci koji su ostali potpuno su asimilovani. Tako je u Drugom svetskom ratu nestala najbrojnija i najuticajnija strana kolonija u predratnom Beogradu koja je zbog svog antikomunizma svoju sudbinu vezala za nacističku Nemačku.
